El edificio
Aunque la documentación es escasa, parece ser que hacia 1634, el hermano jesuita Francisco Bautista preparaba la traza de la capilla.
El interior del edificio está constituido por una sola nave central con cabecera plana, a la que se abren seis capillas laterales dispuestas entre contrafuertes y comunicadas entre sí. Sobre el acceso al templo está situado el Coro.
La cubierta de la nave esta formada por bóveda de cañón de cuatro tramos, dispuesta entre pilares y pilastras toscanas. La bóveda presenta lunetos en cada uno de sus tramos.
El crucero está formado por una cúpula sobre pechinas, con alto tambor y linterna de remate.
El retablo que preside el presbiterio, es una imponente obra barroca con columnas salomónicas cubiertas de racimos de uvas y de pámpanos. En su entablamento se observan cuatro ángeles que dirigen su atención al relieve de la Santísima Trinidad situado en su centro.
En la hornacina situada en un nivel inferior, se sitúa un crucificado, obra de los años sesenta del pasado siglo. En los dos laterales, entre las enormes columnas, aparecen las imágenes de San José y del santo titular de la parroquia: San Nicolás.
Los paramentos interiores del templo están labrados con diversos elementos de estuco. Aparecen en el entablamento dobles modillones de gran plasticidad.
Las pilastras de la nave se resaltan con marcos moldurados, que también adornan las superficies abovedadas, donde aparecen elementos rectangulares y triangulares con contornos muy movidos.
Las pechinas que sujetan la cúpula esta decorada con abundante hojarasca, conteniendo cartelas con el anagrama jesuita JHS. La parte inferior de la balconada también esta adornada con grupos de modillones.
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La fachada de la iglesia es de fábrica de ladrillo y zócalo de piedra, con una imponente portada barroca que presenta el relieve de la Santísima Trinidad, bajo una escultura de la Fe. Sigue las pautas de los templos conventuales de Guadalajara, utilizando el ladrillo como material constructivo y dejando la piedra para los detalles ornamentales.
Presenta una ordenación en tres calles (central y las dos laterales) que reflejan la distribución interior del templo. El cuerpo central culmina en un frontón de características similares a los empleados por fray Lorenzo de San Nicolás en algunas de sus obras y que figura en su Tratado de Arquitectura.
El conjunto de la portada se encuentra flanqueado en su base por dos columnas que sobresalen de la fachada y que sustentan un frontón roto, que sirve de apoyo a sendas esculturas de ángeles en actitud de veneración ante el misterio de la Santísima Trinidad.
Sobre este relieve, aparece un sol radiante que se acomoda en la parte inferior de un pequeño frontón, sobre el que está apoyada la figura de la Fe, alojada en una hornacina decorada con ornamentos barrocos.
La entrada está formada por un arco de medio punto apoyado en pilastras, que sirve para enmarca una reja de forja como protección del templo.
Se trata de una obra de principios del siglo XVIII, con un carácter marcadamente ascensional.
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CAPILLAS
La primera capilla del lado del Evangelio, según se entra al templo, posee cúpula plana sobre pechinas y con tambor, albergando un retablo barroco del siglo XVIII; toda la capilla se encuentra decorada con azulejos del mismo siglo, con inscripción en la rosca de entrada que reza: «NISI, QUIS FUERIT EX AQUA ET SPIRITU SANTO / LAVAORUM REGENERATIONIS / NON POTEST INTROIRE IN REGNUM DEI (JOANN. 3,5)». (El que no naciere de agua y del Espíritu, no puede entrar en el reino de Dios) San Juan 3,5.
Actualmente, la capilla la preside una imagen de la Inmaculada Concepción.
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La segunda capilla está cubierta por bóveda de aristas con molduras. En su lateral se encuentra una pequeña escultura de Santa Teresa.
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La tercera capilla del lado del Evangelio posee idéntico sistema de cubierta, y alberga una imagen de la Virgen de la Paz.
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En el lateral del crucero aparece un retablo barroco con columnas salomónicas, del siglo XVIII, en el que se encuentra la imagen de la Virgen de la Medalla Milagrosa.
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La primera capilla del lado de la Epístola Capilla esta cubierta por cúpula plana dispuesta sobre pechinas, con tambor y linterna. Actualmente alberga una imagen de la virgen del Pilar, en un retablo barroco de la época.
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La segunda capilla presenta una cubierta de bóveda de aristas con molduras, conteniendo la imagen de la Virgen del Carmen.
En esta capilla se encuentra el sepulcro del Caballero Campuzano, del siglo XV construido en alabastro, cuya descripción se detalla en artículo separado.
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La tercera capilla también esta cubierta con bóveda de aristas. Contiene la imagen de Jesús Nazareno.
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En el lateral del crucero del lado de la Epístola aparece otro retablo barroco con columnas salomónicas, del siglo XVIII, en el que se encuentra la imagen de la Virgen Nuestra Señora de la Soledad.
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SACRISTÍA
Desde el crucero se accede a la sacristía, que cuenta con dos salas. En el techo de la primera sala se aprecia la viguería de madera de la época, con restos de policromía.
La segunda sala esta cubierta con bóvedas con lunetos y en ella se encuentran expuestos diversos cuadros, objetos y ornamentos, que se describen en artículo aparte.
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De los enterramientos de los fundadores, sus escudos, y la sillería gótica del monasterio jerónimo de Villaviciosa, que estaban a ambos lados del retablo de la capilla mayor, nada queda. En el pavimento del crucero se encuentran lápidas de algunos miembros de la familia fundadora, con leyendas alusivas y magníficos escudos nobiliarios tallados en la piedra. Así, vemos los de doña María de Encinas y Lasarte, que fundó una capilla de la antigua Iglesia de San Nicolás; de don Juan Calderón, mujer de don Sancho de Lasarte y Obregón, patrón de la capilla de la antigua iglesia de San Nicolás donde estaban estas lápidas.
En la sacristía del templo se conserva, adosada a una pared, la enorme pila o lavabo, tallado en orden plateresco, rico de grutescos y ornamentación, que estuvo en la sacristía del monasterio de Lupiana.3
